В заповеднике зафиксировано богатое биоразнообразие: здесь произрастают 878 видов сосудистых растений, встречаются 212 видов лишайников, 173 вида грибов, 242 вида мхов и 1241 вид водорослей. 31 вид сосудистых растений и 9 видов лишайников занесены в Красные книги — Международного союза охраны природы (МСОП), России и Республики Бурятия.
Такое разнообразие делает территорию заповедника одной из самых ценных природных зон Байкала и важным центром сохранения редких и исчезающих видов.






